용주와 기웅, 기택은 고등학생이 되면서 사이가 소원해졌다. 용주와 기택이 여전히 단짝인데 반해 기웅은 학교 실세 성진의 무리와 어울린다. 기웅을 사랑하는 용주는 기택이 왕따당한다는 사실을 알고 고민에 빠진다. 그러나 기택은 게이인 용주를 따돌림의 표적으로 만들어 성진 무리에 편입한다.

<야간비행>에는 성장드라마의 기본 항목인 성, 사랑, 폭력, 질투, 상실감 등의 요소가 두루 등재되어있다. 교실을 장악한 자본과 권력의 논리, 부모를 통해 표현되는 계급 갈등, 10대 커뮤니티를 장악한 호모포비아라는 테마가 균형을 이룬다. 학대의 순환을 골조로 영화는 인물의 내면적 정황과 운명을 공간의 대비를 통해 표현한다. 이를 통해 삶의 이질적인 요소들이 화학작용을 일으키면서 사람들 사이의 차이를 벌리고, 관계를 파괴하는 양상을 표현한다.

사회적 타자와 그를 향한 폭력의 탄생, 재생산을 탐문하면서 한국 사회의 심부를 관통하는 문제들을 응시하게 만드는 작품이다.